GMPでは工場の構造や設備がどのように作られ、運用されているか、工場の保守・点検・管理、製品の品質管理、衛生管理、製造管理など細部にわたって規則や規格、作業手順書を設け、全ての工程にわたってそれらをチェックし、その記録を残すことが求められます。

　しかし、いくら自社でそれらを十分にやっていると言っても、それだけでは客観性に欠けます。本当に決められた規則や基準が守られているのか、実際に製品は規格どおりに製造されるシステムになっているかを客観的に評価するには、実際に工場の査察を行い、保存された書類をチェックしてその結果を評価しなければなりません。この過程を「GMP監査」と呼びます。JIHFSはJIHFS GMPが求める規則と規格をクリアているかを監査結果に従って審査し、審査基準に合格した企業に認定証を発行しています。

　なお、さらに継続して消費者に製品の安心と安全を保証するため、認証した製造施設を毎年監査し、３年後には改めて再度、新しく監査認証を行います。監査はより公正かつ客観性を保つために、専門性を有する第三者の外部機関の、医薬品GMPのエキスパートにより厳正に行われます。

　GMPは、各製造工場がGMP規範を遵守することが何よりも大切ですが、この監査と審査を行う公正な認証システムを有することも重要です。